Вирусной резистентности теоретически следует опасаться во всех случаях, когда при недостаточных плазменных концентрациях препаратов происходит вирусная репликация, в результате чего запускается процесс селекции, в котором резистентные мутанты приобретают преимущества по сравнению с диким типом. Таким образом, риск развития резистентности существует как в фазе вымывания препарата (когда концентрация в крови уже низкая, репликация возрастает), так и при возобновлении терапии (сохранение репликации, несмотря на создание достаточной плазменной концентрации препаратов). По-видимому, при единичных перерывах в лечении вероятность развития резистентности не особенно высока, о чем свидетельствуют результаты небольшого французского исследования COMET, полученные уже в 1999 году (Neumann 1999). Тем не менее, никто не может сказать, могут ли в каждом конкретном случае перерыва в лечении сформироваться резистентные изоляты, которым нужно совсем немного времени, чтобы вытеснить вирус дикого типа. Математическая модель свидетельствует о том, что теоретический риск как минимум не является низким, особенно при высоких значениях вирусной нагрузки (Dorman 2000, Bonhoeffer 2000).
При повторных перерывах в лечении риск развития резистентности повышается. По данным нескольких исследований чаще всего развивается резистентность к ННИОТ или 3TC (Martinez-Picado 2002, Schweighardt 2002, Ruiz 2007). Особенно высокий риск характерен для пациентов, отменяющих терапию систематически, с определенными интервалами (см. ниже). В Таблице 10.1 описан случай пациентки, которая каждый раз отменяла терапию придостижении хорошего самочувствия. По-видимому, именно многократные, систематические перерывы в АРТ привели к развитию резистентности.